Sahlgrenska akademins styrelse är akademins högsta beslutande organ, med det yttersta ansvaret för den utbildning, forskning och samverkan med det omgivande samhället som bedrivs inom det hälsovetenskapliga området vid Göteborgs universitet.
Dekanus är akademins chef. Dekanus är närmast under rektor och akademistyrelsen ansvarig för ledningen av akademins verksamhet. Tre råd, ledda av vicedekaner, bereder ärenden för dekanus och har genom delegation från dekanus givits viss beslutanderätt.
Dekanus har utsett sex prefekter att leda akademins sex institutioner. Som samrådspartner har prefekten en institutionsstyrelse.